მხილების, ინტერესთა შეუთავსებლობისა და რისკების შეფასების დეპარტამენტის ძირითადი ამოცანებია: 

• კანონის შესაბამისად, მამხილებლის დაცვის და ამ სფეროსთან დაკავშირებული ღონისძიებების განხორციელება; 
• „კორუფციის წინააღმდეგ ბრძოლის შესახებ“ საქართველოს კანონის 20³ მუხლის შესაბამისად განხორციელებული მხილების შესახებ ინფორმაციის მიღება და კომპეტენციის ფარგლებში კანონმდებლობით გათვალისწინებული ღონისძიებების განხორციელება; 
• მამხილებელთა განცხადებების გაანალიზება კორუფციული რისკების შეფასებისა და კორუფციის პრევენციის შესახებ წინადადებების შემუშავებისათვის; 
• მამხილებლის დაცვის ღონისძიებათა გაუმჯობესების შესახებ შესაბამისი წინადადებების შემუშავება, მამხილებლის დაცვის საკითხებზე სათანადო რეკომენდაციების გაცემა და კანონის შესაბამისად ამ სფეროსთან დაკავშირებული სხვა სათანადო ღონისძიებების განხორციელება; 
• საჯარო დაწესებულებაში ინტერესთა შეუთავსებლობის თავიდან აცილების, გამოვლენისა და აღკვეთის შესახებ შესაბამისი წინადადებების შემუშავება; 
• კორუფციული რისკების შეფასების მეთოდოლოგიის შემუშავება და კორუფციის რისკის მეთოდოლოგიით შეფასების წესების დადგენა. ამ მიზნებისათვის შესაბამის უწყებებთან კოორდინაცია, მათ შორის ინფორმაციის გამოთხოვა, შესწავლა და ანგარიშების მომზადება; 
• კორუფციული რისკების შეფასების შედეგად გამოვლენილ საკითხებზე შესაბამისი წინადადებებისა და რეკომენდაციების მომზადება; 
• დეპარტამენტის დებულებით, ბიუროს უფროსის დავალებითა და საქართველოს კანონმდებლობით გათვალისწინებული სხვა ფუნქციების განხორციელება.